一般来说，治疗中耳炎多采用抗生素，但根据研究显示，抗生素不必在诊断为急性中耳炎时就立即使用，应在72小时后，病情无改善时再使用。但有些专家则认为，两岁以下的幼儿若感染急性中耳炎，仍应使用抗生素治疗较为妥当、安全。
若诊断不是很确定、病童年龄大于3岁、症状轻微无并发症，或是由病毒感染导致的中耳炎，就不一定要使用抗生素治疗。但如果孩子以前就接受过抗生素治疗，低于两岁、为复发性或持续性中耳炎，或是已上托儿所的病童，就建议使用抗生素来治疗，有时需合并口服药、打针、全身治疗或是耳膜穿刺术等方式，若只使用耳药水，帮助不大。
目前来说，若是两岁以下的宝宝，使用口服抗生素对抗中耳炎，疗程约为10天；两岁以上且无并发症者，则建议5～7日，但仍需视患者对抗生素治疗的临床反应来调整。
此外，家长的配合度及孩子是否按医嘱服药，如每日服用药物的次数、剂型及味道等，都是影响疗效的因素。故父母绝对要遵守医生的指示。如果宝宝不喜欢药水的味道，或是难以服药，可选用味道较佳的糖浆型药物，或是改以肌肉注射来代替。另外，需注意药物服用完毕后，应再回医院复诊，以确定治疗是否有效？是否需更换药物？或是需更久的疗程？专家提醒家长，治疗一定要彻底，以免留下反复感染，影响听力的后遗症。
