前面已经谈到了治疗医学的医患关系，是医生主导着整个治疗的全过程，患者仅仅是遵照医嘱的被动求治者。而疾病是病患者自身行为的产物，因此在康复医学中，改变自身不健康的心理、生理行为将被提升到康复疾病、重获健康的主导地位。在未来的气功康复医学中，患者自己修心养性、改变不健康的心理行为，将是康复一切疾病的决定性因素。而当今医学界流行的一切外在的治疗手段，包括手术、用药及各种理化的手段，将被降为不得已时（如抢救危重病人时）才谨慎使用的辅助手段。
2．气功康复医学以激发患者的康复系统为基本点
人类的各种疾病都与自身的行为有着十分密切的关系，可以说：行为是因、疾病是果。即便是意外的伤害或外来病毒的感染，也离不开自身行为的不当及体内环境失调这个最基本的因素。“外因必通过内因才能起作用”。在各种传染病的高发区内，依然会有不少人安然无恙、未被感染，这便是最好的证明。
因此气功康复医学，强调患者修炼真正有效的医疗气功（而非目前社会上流行的普通健身气功及概念不清的各种似是而非、也自称为“气功”的肢体运动），以快速激发病患者的各种身体潜能，改导致疾病发生的身体内环境，充分调动被各种药物或其他心理、生理的原因所深深抑制下去的自愈能力和康复系统，使疾病得到有效的康复。
人体康复系统有以下三大子系统组成：
（1）抵抗外来细菌病毒感染的肌体免疫系统
免疫系统是保证人体不受外来细菌感染、抵御外部风寒侵袭的保护系统，一个免疫系统强健的人，一般很少或基本不会得病。即便偶患小疾，也会很快康复。
（2）康复疾病的肌体自愈系统
自愈系统是所有生命所共有的，人类当然也不例外。在我们身边，随处可见不少人得病后无药康复的例子，这便是人类自身的自愈系统在起着康复作用。
（3）修复肌体缺损的生命再造系统
自然界中的各种野生动植物，都有着十分顽强的生命再造功能，中国诗词中有“野火烧不尽，春风吹又生”的千古绝句，便是对各种野生植物顽强的生命力的真实写照。不少动物如壁虎的尾巴断了，不久又能长出新尾巴来，螃蟹的大钳子掉后也可以重新长出新的大腿，自然界的不少动物都有再生功能。人类作为原始地球环境的产物之一，本来也具有同样的功能，但随着人类的物质文明及医学的不断发展，许多功能被药物取代、长期废弃不用而退化了。
一个人如果免疫系统健全，就可以有效防止各种外来的疾病；自愈系统健全便可以及时康复已患的各种疾病；再造系统强的人，即便因伤因病造成肌体局部的缺损，也可以再造修复。
因此，气功康复医学紧紧抓住疾病康复的这个基本点，利用一切确实有效的手段，利用气功修炼可以快速激发人体潜能这一独特优势，快速调动和激发人体康复系统及三大子系统，使各种医药无法治愈的各种慢性顽症，得到真正有效的康复。
3．身心并练、标本兼治，宏观调整整体健康
“身”即身体（躯体），“心”即心灵（精神、意识或称灵魂）。人体的各种疾病，从气功康复医学的角度分，可分成两大类：
一类是来自物质领域的伤害，如物理伤害，车祸、外伤、运动创伤等；又如：细菌病毒的入侵感染等都属于来自于物质领域的伤害。对于这类疾病治疗医学有一定的针对性，因此疗效比较确切。
另一类为非物质领域的伤害，如受到不健康的精神、情绪的长期控制而导致的病变，这类疾病没有明确的致病原因，病因复杂，病变迁延时间长，绝大多数慢性疾病都属于此类。这类疾病治疗医学仅局限于对症治疗，但由于缺乏对疾病发生原因的整体认识，因此基本无确切疗效。
气功康复医学注重身心并练，经过有效的医疗气功修练，快速形成的体内真气，既可以直接疏通、修复躯体的病变，同时又可以舒展精神心灵的扭曲，使许多慢性疾病的发病原因真正得到解决，使各种慢性顽症得到康复。
4．转变观念 ,用良好的意念调控自身的疾病
人的意识是有能量的，这一点已经在大量的科学实验中得到了反证，在气功康复医学的临床中，更是雄辩地证明了良性、积极的意识可以使疾病得以康复，而恶性、消极的意识可以导致疾病恶化，甚至死亡。
气功康复医学重视对学员意念力的培养，调动并提高学员念力的量级，并对自身的疾病进行良性的意识调控，达到自我康复的目的。
当然这一切都必须在学员转变观念的基础上进行。转变观念，转变的是旧的思维模式，而旧的思维模式的转变，又必须建立在破除对现代医学迷信的基础上。如：现代医学认为：晚期癌症是不可能被战胜的、心血管疾病、糖尿病等是不可能康复、必须终生服药等“科学的迷信”。
气功康复医学将以能使各种慢性疾病得到真正、有效的康复，又没有任何副作用的独特效果被越来越多的人所认识、所接受，并将掀起一场人类医学观念的伟大变革！
