引起女性性欲低下的疾病很多。几乎所有的慢性疾病严重的全身性疾病、重度疲劳都可以降低性欲，导致性欲低下。女性性欲的产生，必须有一定量的性激素为基础，凡是影响性激素分泌的疾病都可以导致女性性欲低下。如高泌乳素血症、艾迪生病：库欣综合征、垂体功能减退、甲状腺功能减退等都可使性激素分泌过于低下，从而导致女性性欲低下。其他内分泌疾病，如肢端肥大症、醛固酮增多症、甲状腺功能亢进、低血糖、低血钾等也能降低女性性欲。
慢性全身性疾病几乎都可以影响性欲。如慢性活动性肝炎、慢性肾功能衰竭、肝硬化、肺原性心脏病、女性更年期综合征、神经衰弱、精神分裂症等都能导致女性性欲低下。
女性生殖器疾病也可引起性欲低下，阴道炎症引起性交疼痛，从而降低女性性欲。幼稚子宫、阴道畸形等也是导致性欲低下的重要原因。总之有许多疾病都能导致女性性低下。
