作为儿童病患的专业治疗医院，徐州市儿童医院心胸外科是江苏省小儿先天性心脏病大病救助定点医院和红十字会“爱心工程”合作单位，是徐州市重点学科。科室一直走在小儿先天性心脏病及小儿先天性胸部畸形治疗前列，尤其在婴幼儿复杂危重先天性心脏病诊疗和微创治疗常见先天性心脏病方面有丰富的经验，先进的设备、过硬的技术和舒适的就医环境为儿童医院心胸外科赢得诸多赞誉。
徐州市儿童医院心胸外科作为徐州市临床医学重点学科，设有心胸专科、专家门诊及专病门诊，并开放病区2个：普通病房病区，床位25张;监护室，9个独立抢救单元，配备心脏彩超机1台、体外循环机2台、麻醉机2台、呼吸机5台、电除颤仪2台、监护仪12台、降温水毯1台等等。科室拥有主任医师2名，主治医师3名，住院医师5名，均经过心胸外科及术后监护专业培训。医护人员高、中、初级人才结构合理。
(1)小儿先天性心脏病微创治疗：食管超声引导下经胸微创封堵术治疗小儿室间隔缺损和房间隔缺损技术成熟，获2014年徐州市新技术引进奖一等奖。目前科室继续深化微创技术在先心病治疗中的应用，开展食道超声引导下动脉导管未闭封堵术和经皮微创封堵术治疗房间隔缺损，在先心病微创治疗方面处于国内先进地位。
(2)小儿漏斗胸微创治疗：开设漏斗胸专病门诊，病房常规开展NUSS术，不需要胸腔镜及胸骨切断，创伤小，矫形效果满意，复发率低。
(1)小儿先天性心脏病常规体外循环手术治疗：作为江苏省小儿先天性心脏病手术治疗定点医院，体外循环手术量每年400余例，包括室间隔缺损、房间隔缺损、法洛四联症、完全性房室通道、完全性肺静脉异位引流、主动脉缩窄、右室双出口、大动脉转位等各种先天性心脏病类型。
(2)普胸疾病治疗：普胸手术年手术量100余例，包括脓胸、纵隔及胸腔占位、膈疝、膈膨升、食管裂孔疝、漏斗胸等。常规开展漏斗胸NUSS术，不需要胸腔镜及胸骨切断，创伤小，矫形效果满意。
