在临床上有经验的医生根据B超检查，结合临床的表现一般就可以确诊，巧克力囊肿的声像图特点为圆形或椭圆形的低回声区，囊壁相对较厚，厚度基本均匀，边界往往因粘连而欠清，囊壁由于液体粘稠及血块粘附而不平，囊液透声差，内部含大量细小密集光点，而成低回声，时间较长的囊肿内可以有凝固的血块，而出现中高回声区，使内部回声不均匀，形态不规则，囊腔内还可探及纤维组织形成的光带，构成完全性或不完全性分隔，彩色多谱勒囊壁可探及阻力较高的血管。
根据一项报告指出复发的机会要3年内是14%，到3、5年之后，复发的机会已升到了40%。这又是为什么呢?在做手术的一般医生都想把子宫内膜异位症切除，就是把它烧灼了，可是为什么又会有那么多的复发病症呢。所谓复发一个原因可能是体内另外新生长的子宫内膜异位症;另一个可能是在手术时并没有发现非典型的子宫内膜异位症，或者是显微的子宫内膜异位症，在不孕的病人之中，55%有这种非典型的子宫内膜异位症，如果没有发现非典型的子宫内膜异位症或显微的子宫内膜异位症，那么手术就不可能做的完整，结果是手术后会继续产生疼痛和不孕。这可能是手术没有完全消化子宫内膜异位症而产生了更多和更活跃的前列腺素而导致疾病的复发。
卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行愈合。经过若干时间后，囊内积血再次增多、压力再次增大时，又可发生自发性破裂。囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发破裂，粗暴或剧烈的性生活，尤其是经前期性生活，常是常见的导致囊肿破裂的重要诱因。
较小的卵巢巧克力囊肿，通常不易发生破裂。卵巢巧克力囊肿的药物治疗效果差，难以消除巧克力囊肿，当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，它长到一定大小，自发破裂常难以避免。因此，它的确是藏在盆腔内的“炸弹”，说不定何时会发生“爆炸”。
由于卵巢巧克力囊肿破裂流至盆腔内的是陈旧积血，并非大量新鲜出血，除腹痛外，通常不会影响生命体征，不会出现休克。有人认为，既然不会危及生命，能否采取不手术的保守治疗，使患者免受手术之苦。其实不然，保守治疗后，囊壁破口愈合了，症状消失了，但不久又有可能发生自发破裂。如此反复发作、受苦，且发作次数越多，引起的盆腔粘连越重，盆腔粘连引起的腹痛等症状，更会使她“雪上加霜”，苦不堪言。
因此确诊为卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，这对防止卵巢巧克力囊肿的复发有着重要意义。
