乙脑极重型患者及婴幼儿和老年重型患者病死率较高，存活者易发生后遗症。据徐州市传染病医院专家狄绍民介绍，一般流行早期重症较多，病死率较高，晚期重症较少，病死率较低;早期治疗病死率低，有并发症及严重后遗症病死率高。后遗症：发生率约在5%～20%之间，重型及极重型患者在恢复期末发生后遗症，但婴幼儿的重型可在恢复期近期不发生后遗症，而经过一段时间发生远期后遗症，如癫痫、视神经萎缩等。
1.神经系统后遗症 不同程度意识障碍、失语、言语迟钝、肢体扭转、挛缩畸形、瘫痪，吞咽困难、视神经萎缩、听神经损害(耳聋)、癫痫等。部分乙脑患者损害可主要位于黑质，到恢复期后可能发生典型的帕金森病的特点，在数月至年余后可恢复正常。
2.精神方面后遗症 记忆力及理解力减退、性格改变、精神状态异常、痴呆。
3.自主神经系统后遗症 多汗、流涎、中枢性发热、高血压、营养障碍等。以上后遗症多数可于数月或数年内恢复，亦有少数难恢复而遗留终身者，约占2%～3%。除此之外，15 岁以上发病率低，但病死率高，老年患者病死率亦高。
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