腹腔镜目前主要用于以下几类疾病的探查与治疗：
(1)胆囊结石及胆道疾病：腹腔镜胆囊切除术乃腹腔镜最广泛使用的一种手术，甚至可做胆道摄影或将总胆管结石取出。术后一、二天即可出院。
(2)急性腹痛及腹膜炎：腹腔镜的使用可避免不必要的剖腹探查及伤口，确立疾病的诊断，并将病变部位加以切除。
(3)消化性溃疡。
(4)肠阻塞：腹腔镜可用于肠阻塞之定位及诊断。对于单纯性之肠粘连可轻易以腹腔镜加以处理。
(5)腹股沟疝气：腹腔镜疝气修补术对于复发性疝气及双侧性疝气有很好的治疗效果，并可充分辨识疝气缺损部位及腹内器官。
(6)胃肠道良性肿瘤：以腹腔镜配合术中内视镜可将胃肠道良性肿瘤切除并做胃肠道吻合，减少病人术后疼痛，加速病人复原。
(7)恶性肠胃道肿瘤：以腹腔镜从事恶性肿瘤之切除在目前并不适宜。但对于癌症分期、淋巴腺转移情形及腹水之评估则有很大的帮忙。
(8)腹部外伤：对于腹部钝伤或穿刺伤。腹腔镜可提供良好的评估及治疗，减少不必要的剖腹探查。
(9)妇科：卵巢囊肿，不孕，宫外孕，良性疾病的子宫次全切和全切除，85%以上的传统妇科手术均可由腹腔镜手术替代。
(10)泌尿外科：肾囊肿，精索静脉曲张。
(11)胸外科：胸外伤探查，良性疾病的肺叶切除等。
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